《隋书·经籍志》录有《长水校尉祖冲之集》五十一卷，但现已遗佚。
散见于各种史籍记载的还有以下著作：
《安边论》，佚。
《述异记》十卷，佚。
《易老庄义释》，佚。
《论语孝经注》，佚。
《缀术》六卷，佚。
《九章算术义注》九卷，佚。
《重差注》一卷，佚。
《大明历》
《上大明历表》
《驳议》
《开立圆术》

祖冲之生平著作很多，内容也是多方面的。在数学方面，所著《缀术》一书，是著名的“算经十书”之一，被唐代国子监列为算学课本，规定学习四年，惜已失传。在天文历法方面，他编制成《大明历》，并为大明历写了“驳议”。在古代典籍的注释方面，祖冲之有《易义》、《老子义》、《庄子义》、《释论语》、《释孝经》等著作，但亦皆失传。文学作品方面他著有《述异记》，在《太平御览》等书中可以看到这部著作的片断。
《缀术》一书，汇集了祖冲之父子的数学研究成果。这本书内容深奥，以至“学官莫能究其深奥，故废而不理”。《缀术》在唐代被收入《算经十书》，成为唐代国子监算学课本，当时学习《缀术》需要四年的时间，可见《缀术》的艰深。《缀术》曾经传至朝鲜，但到北宋时这部书就已轶失。