鸟类恐龙起源假说始于140多年前，提出之后却引发了一场长达百年的国际科学争议。
19世纪60年代末期，达尔文进化论的捍卫者赫胥黎，在一次圣诞晚宴上偶然发现，餐盘中的火鸡与一种兽脚类恐龙有着十分相似的骨骼结构。他的脑海里刹那间闪过一个惊人的假设———今天地球上的鸟儿可能是远古时期的恐龙演化而来的。
在当时，这是个不可思议的假说。不过，赫胥黎比较研究了鸵鸟和巨齿龙的后肢骨骼，一下子发现35种共同特征。在1870年伦敦地质学会上，他公布了这个研究成果，但是立即遭到激烈反对：鸵鸟确实只能用两足奔跑，但笨重的恐龙怎么会和轻捷善飞的鸟儿有亲缘关系呢？
争议的关键点是，尽管从解剖上看，巨齿龙比任何动物更接近鸟类，但所有鸟儿都有由两块锁骨愈合而成的叉骨，这在已发现的兽脚类恐龙化石上从未出现过。
到了1936年，美国亚利桑那州出土了一块带叉骨的兽脚类恐龙化石。这一发现，让持反对意见的人目瞪口呆。
1969年，美国著名的鸟类起源问题专家奥斯特罗姆在研究了兽脚类的恐爪龙之后，斩钉截铁提出鸟类起源于小型的兽脚类恐龙。
20世纪70年代，新兴的分支系统学用一系列证据为这个假说赢得了更多的支持。比如最早的兽脚类恐龙用两足行走；骨骼中空，脑颅中有空洞；脖子硕长；腕骨发育，前肢可以抓握；后肢变长，腓骨退化等。这些特征在恐龙身上出现的时间比鸟类诞生还要早。
